Congé de longue maladie (CLM) : conditions, durée et rémunération (2025)

Par Léa Boluze, Rédactrice web

Publié le Mis à jour le

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Comment fonctionne un congé de longue maladie (CLM) dans la fonction publique ?

Conditions pour en bénéficier

Les agents des trois versants de la fonction publique (d'État, territoriale et hospitalière) en activité ou en détachement ont la possibilité de demander à être placés en congé de longue maladie dès lors qu’ils sont atteints d’une maladie qui :

  • Les empêche d’exercer leurs fonctions.
  • Implique un traitement et des soins prolongés.
  • Présente un caractère invalidant et de gravité confirmée.

Le CLM peut concerner les fonctionnaires stagiaires ou titulaires.

Sur demande de l'administration employeur

L'administration employeur peut faire la demande de mise en congé de longue maladie lorsqu’une attestation du médecin du travail ou un rapport des supérieurs hiérarchiques, atteste que l’état de santé d’un fonctionnaire nécessite cette mise en congé.

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Quelles sont les maladies reconnues en longue maladie ?

Les maladies qui permettent de bénéficier d’un CLM sont fixées par l'arrêté du 14 mars 1986. On retrouve par exemple :

  • Hémopathies graves.
  • Insuffisance respiratoire chronique grave.
  • Hypertension artérielle avec retentissement viscéral sévère.
  • Lèpre mutilante ou paralytique.
  • Maladies cardiaques et vasculaires.
  • Maladies du système nerveux.
  • Affections évolutives de l'appareil oculaire avec menace de cécité.
  • Néphropathies avec insuffisance rénale relevant de l'hémodialyse ou de la transplantation.
  • Rhumatismes chroniques invalidants, inflammatoires ou dégénératifs.
  • Maladies invalidantes de l'appareil digestif.
  • Collagénoses diffuses, polymyosites.
  • Endocrinopathies invalidantes.

Cette liste n’est pas limitative, d’autres maladies peuvent ouvrir droit au congé de longue maladie, sur avis du conseil médical.

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Comment faire une demande de congé de longue maladie ?

Fournir un certificat médical à l'employeur

Le bénéfice d’un CLM nécessite d’en faire la demande auprès de son employeur. Cette demande doit être accompagnée d’un certificat médical du médecin traitant du fonctionnaire qui adresse un résumé de ses observations au secrétariat du conseil médical.

Instruction du dossier par le conseil médical

Le conseil médical instruit le dossier médical du fonctionnaire et rend un avis à l'administration employeur qui le communique au fonctionnaire et prend sa décision. Lors de l'instruction, le conseil peut faire appel à un médecin agréé. Il effectue des contre-visites et apporte son expertise.

Recours en cas d'avis négatif

Si la demande de congé de longue maladie n'est pas validée par le conseil médical, il doit informer le fonctionnaire des voies de contestation possibles devant le conseil médical supérieur.

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Quelle est la durée du CLM ?

Trois ans maximum

Le congé de longue maladie a une durée de trois ans maximum et peut être pris de façon continue ou discontinue. Il est accordé ou renouvelé par périodes de trois à six mois. Si la demande de congé de longue maladie intervient durant un congé de maladie, le CLM débute à la date de la première constatation médicale de la maladie. Les fonctionnaires qui bénéficient d’un CLM de trois ans, ne peuvent profiter d’un nouveau congé de longue maladie qu’à condition d’avoir retravaillé pendant au moins un an.

Renouvellement

Au cours de la première année, le fonctionnaire doit faire une demande de renouvellement du CLM, en fournissant un certificat médical précisant la durée de la prolongation. Le renouvellement est accordé sans que le conseil médical soit saisi. Au-delà d'un an, le renouvellement doit être prononcé par le conseil. Le fonctionnaire est soumis à un examen par un médecin agréé une fois par an.

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Quelle rémunération pour le fonctionnaire pendant son congé de longue maladie ?

Au cours d’un CLM, le fonctionnaire perçoit les éléments de rémunération suivants :

Quel impact a le CLM sur la carrière et la retraite du fonctionnaire ?

Le congé de longue maladie n’a aucune incidence sur les droits à l'avancement, à la promotion interne ou à la retraite du fonctionnaire. Il en va de même pour les congés. L'agent public peut continuer à bénéficier de congés annuels, d'un congé maternité ou encore de solidarité familiale durant son CLM.

Quelle est la différence entre longue maladie et maladie de longue durée ?

Contrairement au CLM, le congé maladie de longue durée ne concerne que cinq affections qui sont la tuberculose, la maladie mentale, les affections cancéreuses, la poliomyélite, le déficit immunitaire grave et acquis (SIDA). Ce congé fait obligatoirement suite à un congé de longue maladie d’un an. Pour passer d’un CLM à un congé maladie de longue durée, il convient d’en faire la demande à l’administration employeur.

Congé de longue maladie (CLM) : conditions, durée et rémunération (2025)
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